2007年8月3日，陕西省委中心组专题学习秦岭生态环境建设，邀请中国科学院院士、西北大学教授、博士生导师张国伟和中国科学院研究员、秦岭国家植物园园长沈茂才作专题报告。省委书记赵乐际主持学习并讲话。他强调：对陕西乃至全国来讲，秦岭不可多得、不可替代、不可再生。我们一定要以对历史和人民负责的态度，充分认识和加强秦岭生态环境建设的重要性和紧迫感，下最大决心，花最大力气搞好秦岭生态环境保护和建设。赵乐际强调，要全力保护秦岭生态环境，认真实施《陕西省秦岭生态环境保护纲要》，加快秦岭国家级生态功能区建设，加强秦岭生态环境保护监督管理，维护生物多样性和典型生态系统，确保森林资源安全。
2009年，陕西省委宣传部启动《大秦岭》纪录片的拍摄，并于2010年初在中央电视台成功播出，在社会产生强烈影响。在此背景下，秦岭地区的历史与现状、自然与人文、生态与环境、保护与开发等问题，已全面跃升为社会各界的研究热点，以大秦岭发展为对象的研究活动也在勃然兴起，由自然科学研究者和人文科学研究者组成的陕西省秦岭发展研究会应运而生，成为大秦岭地区发展研究的主体力量。
2009年陕西省秦岭发展研究会成立之后，遵循赵乐际书记对研究会的期望：“既要研究秦岭的战略发展，也要结合实际开展经济社会发展研究”，以大秦岭地区作为一个典型地理单元，以 “大秦岭生态文明示范区建设”为总课题，按照中央提出的生态文明要义，以大秦岭地区经济社会系统和生态环境系统的耦合关系为切入点，进行较为深入地研究，形成秦岭生态文明示范区建设的基本理论体系架构。这个理论体系也被西安、汉中、安康、商洛采纳。2015 年，上述四市政府和秦岭研究会组成工作组，编制形成了《秦岭国家生态文明先行试验区建设方案》，联合申报秦岭国家生态文明先行试验区。这个建设方案，形成了秦岭生态文明建设的理论模型和示范区“中华核心文化传承示范区”“国家生态休闲旅游度假区”“生态产品产业发展示范区”“连片扶贫攻坚重点突破区”“国土空间科学开发主导区”“国家循环经济创新发展区”“生态文明机制创新实验区”“生态环境科学研究承载区”等八大定位。可以说，这是我省对秦岭发展进行“理论研究探索” 的最大成果。
再一个就是“公众参与探索”。秦岭研究会在组织深入开展秦岭生态文明示范区建设研究的同时，又设立了“大秦岭发展论坛”，将此作为研究交流和动员社会各界参与的载体和平台。
截至目前，论坛成功举办了五届，部省领导、厅市领导、专家学者、企业代表等社会各界参与了多届论坛。论坛不仅明确了“以生态文明建设为纲领，以生态保护为核心，以文化传承为主导，以旅游产业发展、原生态绿色产业开发和矿产资源循环利用为支撑，以生态城镇群建设和移民搬迁安置为切入点，省际联动，城市合作，建设大秦岭生态文明示范区，构建大秦岭生态安全新格局”的战略思路，也形成社会各界参与大秦岭生态文明示范区建设的强大社会合力，成为公众参与度较高的生态文明示范区。
秦岭问题的症结所在
虽然陕西进行了主动探索与作为，但在政治和业务方面依然存在欠缺。马义芳认为中纪委副书记徐令义关于秦岭问题的判断非常准确。徐令义曾一针见血地指出，秦岭北麓违规建别墅问题反映的是贯彻习近平总书记重要批示指示不坚决、不扎实、不到位的严重问题，清醒认识秦岭北麓西安境内违规建别墅问题既包括政治上的问题，也包括行政业务上的问题，以及“庸懒散慢虚”的作风问题。
马义芳认为，正是这些问题，使秦岭错失了多次进入国家发展战略的机遇，也为现在的别墅问题埋下祸根。
秦岭保护所失去的第一个机会就是秦岭生态环境保护委员会办公室在2014年莫名其妙地被撤销。
秦岭保护所失去的第二个机会出现在2015年。当年，西安、安康、商洛、汉中四市根据国家发展改革委、财政部、国土资源部、住房和城乡建设部、水利部、农业部、国家林业局联合下发的《关于请组织申报第二批生态文明先行示范区的通知》（发改环资［2015］1447 号）文件精神，立即启动联合申报秦岭国家生态文明示范区程序，与省秦岭研究会组成申报机构，编制形成《秦岭国家生态文明示范区建设方案》，并报至省有关部门。由于有关部门对秦岭发展缺乏清晰的政治判断以及生疏的业务水平，联合申报最终胎死腹中。秦岭错失了进入国家发展战略的机遇。
秦岭保护所失去的第三个机会是由于陕西的非国家公园试点省份的性质导致建设秦岭国家公园的方案无法实行。
